Административното и техническото обслужване, експертното осигуряване на НКТ и координацията с Работната група се осъществяват от отдел "Световна търговска организация и други международни икономически организации" в дирекция "Външноикономическа политика" на Министерство на икономиката, който изпълнява функциите на Секретариат.

Директорът на дирекция "Външноикономическа политика" в Министерство на икономиката е ръководител на НКТ.