Главният секретар се назначава от министъра и осъществява административното ръководство на Министерството.
Главният секретар координира и контролира административните звена за точното спазване на нормативните актове и на законните разпореждания на министъра, като:
- отговаря за планирането и отчетността при изпълнение на ежегодните цели на администрацията;
- организира, ръководи, координира, контролира, отчита се и носи отговорност пред министъра за дейността и за изпълнението на задачите на администрацията;
- организира разпределянето на задачите за изпълнение между административните звена на Министерството;
- координира и контролира дейността по ползването и управлението на държавната собственост, предоставена на Министерството;
- създава условия за нормална и ефективна работа на звената в Министерството;
- осъществява общия контрол за изпълнението на възложените задачи;
- осъществява вътрешноведомствената организация на работа на администрацията, за което може да издава заповеди;
- ръководи, координира и контролира подготовката на становища на министъра по материали за заседания на Министерския съвет;
- осъществява координация и контрол в процеса на подготовката и изпълнението на бюджета и отговаря за законосъобразното и целесъобразното разходване на средствата по бюджета на Министерството;
- ръководи процеса по въвеждането на автоматизирани системи в работата на администрацията;
- осъществява взаимодействие с главния секретар на Министерския съвет;
- утвърждава длъжностните характеристики на служителите;
- представлява Министерството в случаите, когато е изрично упълномощен от министъра;
- организира работата по отношение на постъпилите предложения по смисъла на чл. 107, ал. 3 от Административнопроцесуалния кодекс.
Министърът може с писмена заповед да възложи и други функции и задачи на главния секретар.
При отсъствие на главния секретар поради командировка или когато той ползва законоустановен отпуск, за всеки конкретен случай неговите функции се изпълняват от определен от министъра с писмена заповед директор на дирекция от Министерството.