Главният секретар се назначава от министъра и осъществява административното ръководство на Министерството.
Главният секретар координира и контролира административните звена за точното спазване на нормативните актове и на законните разпореждания на министъра, като:
- отговаря за планирането и отчетността при изпълнение на ежегодните цели на администрацията;
- организира, ръководи, координира, контролира, отчита се и носи отговорност пред министъра за дейността и за изпълнението на задачите на администрацията;
- организира разпределянето на задачите за изпълнение между административните звена на Министерството;
- координира и контролира дейността по ползването и управлението на държавната собственост, предоставена на Министерството;
- създава условия за нормална и ефективна работа на звената в Министерството;
- осъществява общия контрол за изпълнението на възложените задачи;
- осъществява взаимодействие с главния секретар на Министерския съвет;
- утвърждава длъжностните характеристики на служителите;
- организира работата с предложенията и сигналите в съответствие с разпоредбите на глава осма от Административнопроцесуалния кодекс.
Министърът може с писмена заповед да възложи и други функции и задачи на главния секретар.