Историята на днешното Министерство на икономиката и индустрията започва още през 1879 г. Тогава, в чл. 161 на Конституцията, приета от Учредителното Народно събрание във Велико Търново се предлага създаването на 7 министерства. Между тях е и Министерството на общите сгради, земеделието и търговията.
След разнопосочни дискусии, Първото Обикновено народно събрание приема броя на министерствата да бъде 6. Затова, с Указ № 23 от 9 август 1879 г., ръководството на земеделието в Княжеска България се предоставя на Министерството на финансите. Там е обособено Отделение за държавните имущества заедно с рудите. За негов подначалник е назначен г-н Иван Димов Гошев.
С Указ № 463 от 1882 г. на княз Александър I се създава Министерство на общите сгради, земеделието и търговията. Само след две години и половина, обаче неговите функции се прекратяват, защото не са съобразени с разпоредбите на Търновската конституция.
Четвъртото Велико Народно събрание предлага промяна в Търновската конституция, която засяга и чл. 161, третиращ въпроса за броя на министерствата.
В брой 107 на Държавен вестник от 25 май 1893 г. се публикува Прокламация на княз Фердинанд към българския народ за създаване на първото законно Министерство на търговията и земеделието. За негов министър е назначен Панайот Славков. В компетенцията на новосъздаденото Министерство са голяма част от отраслите на националната икономика – земеделие, животновъдство, гори, води, мини, занаяти, индустрия, вътрешна и външна търговия, професионални земеделски и занаятчийски училища.
От този момент до 1999 г. днешното Министерство на икономиката и индустрията е преобразувано и преименувано множество пъти: Министерство на народното стопанство; търговията, промишлеността и труда; търговията и продоволствието; индустрията и занаятите; промишлеността; тежката промишленост; външната търговия; търговията; вътрешната търговия; Комитет по технически прогрес; Държавен комитет за наука и технически прогрес; Държавен комитет за наука, технически прогрес и висше образование; Министерство на химията и металургията; вътрешната търговия и услугите; външноикономическите връзки; леката промишленост; машиностроенето и металургията; машиностроенето; машиностроенето и електрониката; металургията; Стопански съвет; Държавен комитет за наука и технически прогрес; Държавен комитет за изследвания и технологии; Министерство на икономиката и планирането; търговията и външноикономическите връзки; индустрията, търговията и услугите; индустрията и търговията; търговията; икономическото развитие.
Създаване на Министерство на икономиката 1999 – 2001 г.
През 1999 година с Решение на Народното събрание от 21 декември е създадено Министерство на икономиката. Това се случва в резултат на обединяването на Министерство на промишлеността и Министерство на търговията и туризма.
Двете министерства са правоприемници на Министерство на индустрията и търговията и предхождащото го Министерство на индустрията търговията и услугите, създадено през 1990 година, непосредствено след промените от 1989 година.
През 1992 година Министерство на индустрията и търговията се разделя на Министерство на промишлеността и Министерство на търговията.
През 1995 година Министерство на търговията се преобразува в Министерство на търговията и външноикономическите връзки.
В последвалите години, след закриването на Комитета по туризъм, структурата му се влива в Министерство на търговията и така се създава Министерството на търговията и туризма.
През месец март 2005 година е преобразувано Министерство на културата, като е преименувано на Министерство на културата и туризма. Самото име на новото министерство показва, че от Министерството на икономиката е отделен ресор туризъм.
Създаване на Министерство на икономиката и енергетиката 2005 – 2009 г.
На 16 август 2005 г. с Решение на Народното събрание се избира ново правителство, при което Министерство на икономиката се обединява с Министерство на енергетиката и енергийните ресурси и се създава Министерство на икономиката и енергетиката (МИЕ).
През 2009 година са проведени избори за 41-то Народно събрание. При съставяне на правителството е решено ресор туризъм да премине към Министерството на икономиката и енергетиката. С Решението на Народното събрание от 27 юли 2009 г. за определяне на структурата на Министерския съвет, се създава Министерство на икономиката, енергетиката и туризма (МИЕТ). Към момента на създаването на Министерството все още съществува Държавна агенция по туризъм. Тя е закрита през месец октомври 2009 г. и нейните архиви и активи преминават към МИЕТ.
През 2013 г. Министерството на икономиката, енергетиката и туризма е преобразувано в Министерство на икономиката и енергетиката. Има идея отрасъл туризъм отново да се отдели в самостоятелна структура, но тя не се реализира и туризмът остава като ресор в министерството, без това да фигурира в наименованието му.
На 7 ноември 2014 година с решение на Народното събрание, Министерството на икономиката енергетиката и туризма е закрито и се създават три отделни министерства: Министерство на икономиката, Министерство на енергетиката и Министерство на туризма. Същите са правоприемници на старото министерство.
На 13 декември 2021 година, на извънредно заседание, 47-то НС приема решение за избиране структура и състав на правителството. Министерство на икономиката (МИ) е разделено на Министерство на икономиката и индустрията и Министерство на иновациите и растежа. Двете министерства са правоприемници на МИ.